在推动都市再开发的「密阿雷市」展开的全新故事。
♦冒险的舞台「密阿雷市」
冒险的舞台是在《宝可梦 X》及《宝可梦 Y》中也曾经登场的卡洛斯地区的大城市「密阿雷市」。为了迈向人与宝可梦共存的目标，这座城市正推动著都市再开发的计画，在运用最新技术整备而成的区域「野生特区」裡栖息著许多野生的宝可梦。
来到密阿雷市观光的主角，会从「菊草叶」、「暖暖猪」和「小锯鳄」这3隻宝可梦中选出其中之一作为搭档，并与伙伴们一起挑战城市裡发生的各种大小事与事件。

♦入夜后挑战「ZA登峰战」
一到夜晚，城市裡就会出现以最新技术红色全像投影所环绕的「对战特区」。特区内每天都会举办「ZA登峰战」，从日落到黎明都有训练家们在这裡以宝可梦对战一较高下。参赛者会被赋予从Z到A的各个「级别」，所有的参赛者皆从Z级开始。到达A级后，将被赋予最强的称号和名誉，并且能够实现一个愿望。

♦系列首创宝可梦与训练家即时行动的战斗
在战斗中，宝可梦会和训练家一起移动，并同时根据训练家的指示使出招式。除了属性相剋之外，增添了替换宝可梦和选择招式的时机、招式的可达范围以及出招速度等新的游戏要素，可享受到前所未有的宝可梦对战乐趣。

♦掌握本作关键的「超级进化」
在密阿雷市，不时能见到超越进化的进化「超级进化」。有一部分的宝可梦能够「超级进化」，透过暂时释放宝可梦潜藏的力量，达到比一般进化更上一层的力量提升。如何纯熟运用「超级进化」，亦是胜负的关键所在。